在 Nvidia Jetson 上运行 Bonito Basecaller
Jetson是Nvidia推出的一款嵌入式AI计算平台,相比笔记本电脑和服务器,Jetson具有更小的体积和更低的功耗,适合部署在边缘设备上。Oxford Nanopore Technology也曾基于Jetson平台发布了MinION Mk1C,用于实时测序数据的分析。本文介绍了如何在Jetson上安装并运行Bonito Basecaller,以便在边缘设备上进行实时测序数据的分析和模型训练。 ...
Jetson是Nvidia推出的一款嵌入式AI计算平台,相比笔记本电脑和服务器,Jetson具有更小的体积和更低的功耗,适合部署在边缘设备上。Oxford Nanopore Technology也曾基于Jetson平台发布了MinION Mk1C,用于实时测序数据的分析。本文介绍了如何在Jetson上安装并运行Bonito Basecaller,以便在边缘设备上进行实时测序数据的分析和模型训练。 ...
前言 笔者曾在三年前写过一篇如何self host基于OpenStreetmap数据的博客。在当时的文章里,笔者使用的后端是maptiler开发的的tileserver-gl。它需要一个转换好的mbtiles文件,才能正常serve地图。但遗憾的是,maptiler把下载转换好的地图作为一项商业服务提供,我们只能自己使用maptiler提供的openmaptiles对地图进行转换。由于mbtiles的本质是基于sqlite的地图数据库,使用openmaptiles制作地图的速度相当缓慢(在一台48C256G的机器上转换全世界的地图大概需要一整天的时间,并且对磁盘的IO有较高的要求),host地图也需要使用tileserver-gl处理请求,将mbtiles里的数据转换成pbf格式发送给客户端。 直到最近,笔者注意到了一些GIS开源项目在使用的Protomaps项目,以及他们提出的pmtiles格式。如Protomaps的发起人给博客起的标题《Dynamic Maps, Static Storage》那样,pmtiles的一大优势是如果不需要raster tiles,服务端不再需要安装任何软件,只需要一个“Static Storage”即可(无需任何后端软件对地图数据进行处理)。确切的说,一个支持HTTP Range的服务器。包括nginx,caddy等常见的web服务器和S3服务理论上都是支持这项特性的。 ...
所有照片按照时间排列,没有做过任何后期处理。这次使用了avif作为图片容器格式,或许能正确地在网上显示手机拍出来的HDR效果(可惜Android设备上显示AVIF溢出的问题过了一年也没人修) ...
这是本人第五次参加USTC的hackergame了,本次的排名相比上次略有进步,进到了50名内。 PaoluGPT 观察代码注意到了可能可以进行SQL注入: ...
这篇博客分享笔者于2024年暑假的美国旅行,笔者在本次时长两周的旅行中去到了西海岸的旧金山,洛杉矶和东海岸的纽约,华盛顿在内的美国城市。 路线与景点图 笔者大致的行程是从旧金山开车到洛杉矶,随后乘飞机前往纽约,乘火车前往华盛顿,最后乘飞机返回旧金山。 ...
Bonito(中文直译为鲣鱼)是Oxford Nanopore Technology开发的一款basecaller。在本文中,笔者尽量以通俗易懂的语言,介绍bonito的一些数据流和数据格式等二次开发bonito(甚至是其他的纳米孔测序basecaller)需要了解的一些知识。
本次依然是利用夏季周末时间的“特种兵旅行”,周五前往首尔,周日晚上返回。 本文使用了实验性的HDR AVIF,在部份浏览器上(常见于Android)可能会出现色阶断裂的问题,请催促chromium修复此问题。 行前准备 签证 相比日本签证,韩国签证的申请难度相对简单,并且对于本科毕业生属于“点击就送”。本科毕业生只要凭学信网毕业证明和身份证,即可办理5年多次的韩国签证。签证申请可以通过各地的“韩国签证申请中心”(如广州中心)线下申请。也可以通过邮寄申请(但邮寄申请需要寄送身份证原件并需要附加一点邮件处理费,如果顾虑可以线下办理)。截至2024年夏天,线下办理无需预约,早上签证中心开门之后前往并现场取号即可。 ...
本次周末旅行的起因是我和同学抢到了hkexpress的学生特价机票,往返每个人只要1300HKD。考虑到旅行时间有限,我们决定只在日本关西地区活动,主要游览大阪和京都。 ...
相信许多人在申请申根签证时,都有听说过Visa Information System (VIS)。VIS允许申根国家交换签证数据。它由中央 IT 系统和将该中央系统连接到国家系统的通信基础设施组成。 它处理与访问或过境申根区的短期居留签证申请相关的数据和决策。该系统可以执行生物识别匹配(主要是指纹),用于识别和验证目的。在申根签证的申请中,他的一大常见用途是保存申请人的指纹信息(这样申请人每5年只需提供一次指纹)。 ...
第二期沙頭角開放計劃將於2024年一月一日展開,首階段容許每日最多1 000名旅客經網上申請禁區許可證後,進入除中英街以外的整個沙頭角遊覽,讓更多人有機會認識沙頭角和鄰近外島的歷史文化和天然地貌,推廣文化生態旅遊。 ...