https://blog.sparktour.me/categories/research/ Recent content in Research on Sparktour's Blog https://assets.sparktour.me/img/blog/misc/about-bg.jpg https://assets.sparktour.me/img/blog/misc/about-bg.jpg Hugo zh Sun, 26 Jan 2025 21:53:35 +0800 https://blog.sparktour.me/posts/2025/01/25/port-ont-bonito-koi-to-jetson-arm64/ Sat, 25 Jan 2025 21:00:00 +0000 https://blog.sparktour.me/posts/2025/01/25/port-ont-bonito-koi-to-jetson-arm64/ Jetson是Nvidia推出的一款嵌入式AI计算平台，相比笔记本电脑和服务器，Jetson具有更小的体积和更低的功耗，适合部署在边缘设备上。Oxford Nanopore Technology也曾基于Jetson平台发布了MinION Mk1C，用于实时测序数据的分析。本文介绍了如何在Jetson上安装并运行Bonito Basecaller，以便在边缘设备上进行实时测序数据的分析和模型训练。 https://blog.sparktour.me/posts/2024/09/25/a-look-at-nanopore-basecaller-bonito/ Wed, 25 Sep 2024 21:00:00 +0000 https://blog.sparktour.me/posts/2024/09/25/a-look-at-nanopore-basecaller-bonito/ Bonito（中文直译为鲣鱼）是Oxford Nanopore Technology开发的一款basecaller。在本文中，笔者尽量以通俗易懂的语言，介绍bonito的一些数据流和数据格式等二次开发bonito（甚至是其他的纳米孔测序basecaller）需要了解的一些知识。