在 Nvidia Jetson 上运行 Bonito Basecaller
Jetson是Nvidia推出的一款嵌入式AI计算平台,相比笔记本电脑和服务器,Jetson具有更小的体积和更低的功耗,适合部署在边缘设备上。Oxford Nanopore Technology也曾基于Jetson平台发布了MinION Mk1C,用于实时测序数据的分析。本文介绍了如何在Jetson上安装并运行Bonito Basecaller,以便在边缘设备上进行实时测序数据的分析和模型训练。 ...
Jetson是Nvidia推出的一款嵌入式AI计算平台,相比笔记本电脑和服务器,Jetson具有更小的体积和更低的功耗,适合部署在边缘设备上。Oxford Nanopore Technology也曾基于Jetson平台发布了MinION Mk1C,用于实时测序数据的分析。本文介绍了如何在Jetson上安装并运行Bonito Basecaller,以便在边缘设备上进行实时测序数据的分析和模型训练。 ...
Bonito(中文直译为鲣鱼)是Oxford Nanopore Technology开发的一款basecaller。在本文中,笔者尽量以通俗易懂的语言,介绍bonito的一些数据流和数据格式等二次开发bonito(甚至是其他的纳米孔测序basecaller)需要了解的一些知识。